信用卡自动扣款了但显示还没还的原因有：

1.没有及时到账：银行系统会对接其它银行和第三方支付的还款渠道，不同的还款渠道到账时间不同，一般情况下，本行和跨行是会实时到账的，但是第三方支付渠道可能会有所延迟。

2.银行系统更新延迟：有的银行第二天才会更新还款到账的信息，若是确定还款，耐心等待更新即可。