农商行和村镇银行在性质、发展方向、分支机构等方面是存在一定的区别的，具体分析如下：

1、性质：农商银行很多都是股份公司，村镇银行不是民营银行，有监管单位，由银行业金融机构控股。

2、发展方向：农商银行通常只当地有，村镇银行通常别的地方设有支行。

3、分支机构：农村商业银行为地方金融机构，村镇银行为一级法人机构。