个人所得税申诉在员工虚假申诉的情况下是不会对公司造成影响的，但如果如果有证据证明企业涉及偷税漏税，会对公司进行处罚。

申诉也能有效降低公司申报个人所得税的成本，因为申诉会提出合理和合规的政策来减轻税收负担。此外，申诉也会加强公司税务监管。

个税申诉的话，税务局会介入并处理，对个人所在企业进行通知，告诉相关企业配合调查，让相关企业提供员工的社保、工资计提、申报等相关资料。