电子式国债的弊端是机构是无法购买电子式国债的，除此之外，还有以下弊端：

1、没有纸制债权凭证，债权查询的话主要是用网银查询。

2、采用实名制购买，不可以流通或转让，提前兑取要损失利息，流动性差。

3、电子式国债设有最低持有期限，达到该期限才可提前支取，且提前支取按分档计息，需要扣除一部分利息和手续费。