新生儿交农村合作医疗保险需要到当地新型农村合作医疗证经办机构办理，具体流程如下：

1、在医院给孩子办好出生证明，然后带上家里的户口簿和办好的出生证给孩子上好户口。

2、到当地的医保服务点为新生儿办理参保手续，是有专门为新生儿办理医保的地方的，同时缴纳相应的费用。

3、需要注意的是如果是28天之内买到的，当年住院包括新生儿刚出生的住院也可以报销；如果是超过了28天，那么就要等到每年1-2月份的统一时间参保了。