如果使用手机进行农村合作医疗的缴费，可以通过官方App、支付宝或微信、银行手机App等方式完成，具体如下：

1、下载并安装当地农村合作医疗缴费的官方App，根据提示完成注册和绑定支付方式后即可在App上进行缴费。

2、在支付宝或微信等支付平台中，搜索“农村合作医疗”或输入当地的农村合作医疗机构名字进行搜索，进入页面后选择缴费，输入相关信息完成缴费。

3、在银行手机App上进行缴费，进入网上银行系统后找到“缴费”或“社保”选项，选择当地的农村合作医疗机构进行缴费。