商贷和公积金贷款是分开进行还款。

公积金部分实行的是自由还款，意思就是借款人每个月可以设置一个低还款数额，但月供必须大于最低还款额。其实这个数目就和等额本息的数额是一样的。这个数额是可以进行活动的，但是需要达到低还款额。

而对于商贷部分，借款人可以选择等额本金以及等额本息两种还款方式中的任意一种。

需要注意的是，组合贷款中，公积金贷款以及商业贷款的贷款期限必须是一样的。