微信零钱里有钱但是支付时扣的是银行卡有两种原因：

1、微信零钱中的金额不够支付该项订单，系统默认选择使用银行卡付款。

2、在付款时未选择使用零钱进行支付。

微信支付在付款的时候是可以选择付款方式的。在付款的条码和二维码下方，有一个交易方式，点击更换，更换成零钱这样就可以不使用银行卡来支付了，不过，如果零钱余额不足，会自动切换至银行卡支付。