作废转账支票的保存时间是不确定的，要根据做出作废转账支票的银行的规定而具体决定，因为银行有时会在清户时回收所有已作废的支票，此时该支票就得交给银行，因此转载支票作废之后应该存根保存，以防止银行之后要回收。