金元证券总部位于深圳，营业网点遍布全国，其中以珠江三角洲、长江三角洲和环渤海经济带为重点，各地区中心城市为辅助，形成了面向全国的立体、多元业务营销网络。

现有分支机构62家，其中12家分公司，50家证券营业部，营业网点遍及国内19个省市。例如：深圳市深南大道4001号时代金融中心大厦17楼；广州市天河区华景路1号南方通信大厦二层C部等。