如果汽车是停在小区或者地下车库中被水淹造成损失，只要车辆参保了车辆损失险，保险公司都会按照自然灾害进行赔付。

根据保险条例规定，保险期内，被保险人或其允许的合法使用人在使用被保险机动车过程中，因暴雨、洪水等自然灾害造成的被保险机动车的损失，保险公司将按约定负责赔偿。