国家存款保险制度50万指的是一旦银行破产，只能赔偿用户50万以下的存款，超过50万的部分是无法进行赔偿的。通常，投保机构需要向存款保险基金管理机构交纳保费来形成存款保险基金，存款保险基金管理机构会根据此项规定向存款人进行赔偿。