上海5000工资缴纳社保的金额与用户的缴费基数等有关，不能一概而论。如若该职工的缴费基数为5000，则根据上海目前社保的缴费比例，具体如下：

1、养老保险：单位：5000*16%=800元；个人5000*8%=400元。

2、医疗保险：单位：5000*9.50%=475；个人5000*2%=100元。

3、失业保险：单位：5000*0.50%=25元；个人5000*0.50%=25元。

4、工伤保险：用人单位根据自身情况在0.16%-1.52%之间进行选择，按照0.16%进行计算。单位：5000*0.16%=8元；个人不缴。

5、生育保险：单位：5000*1.00%=50元；个人不缴。