生孩子会是否会扣医保卡余额与用户在就诊时是否刷了医保卡有关，具体如下：

1、如若用户刷了医保卡，那么用户在生孩子出院时，医院系统会自动进行报销结算，此时会优先使用用户医保卡的余额进行报销，如若余额不足，用户需要使用现金进行结算。

2、如若用户没有刷医保卡，那么就不会扣余额，用户直接使用现金结算。