1、参保人群不同：学生医保学生针对的是在校大学生、在校大中专学生、中小学生、幼儿；农村合作医疗是面向全体农村农民的。

2、报销方式不同：学生医保，报销费用会把赔付金转到学校账上，学生需要带身份证(学生证)到本校计财处领取保险金；农村合作医疗的参保者出院后，将相关资料缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心进行报销。

3、费用不同：各地区的学生医保和农村合作医疗缴费标准不同，个人缴纳和国家补助费用均不相同，用户要以具体地区的缴纳费用情况为准。