不同地区支付宝交农村合作医疗保险费的方法不同，以上海市为例，具体操作步骤如下：

1、打开支付宝手机客户端。

2、点击“首页”中的“更多”。

3、在更多应用界面点击“城市服务”。

4、进入后，点击“社保”。

5、点击“城乡居保缴费”。

6、输入个人证件号码的姓名等相关信息，点击“查询”。

7、进入后，输入缴费金额和选择缴费年限，点击“缴费”，即可完成缴费。

需要注意的是，若用户的社保界面没有城乡居民保险缴费，说明其所在城市不支持支付宝缴费，用户可以前往所属地区的社保中心缴纳。