住院花了5万医保要按照以下比例进行报销：

一个自然年度内首次住院的起付标准是1300元，以后每次650元。如果住院花了五万的话，那么报销的比例是：在职95%、退休97%。如果普通住院的话，90天为一个结算周期。精神病住院的话360天为一个结算周期，起付标准减半。

报销范围：参保人员在个人选择的医疗保险定点医院或者专科医院、中医医院和A类医院发生的住院费用。