1、保障范围不同：新农合属于重大疾病保障的22种病症；商业重疾险是除了保监会规定的25种疾病，保险公司也可以按照规定自行添加其他重疾种类。

2、赔偿方式不同：新农合采取的是报销型的方式，按照规定的比例对患者产生的医疗费用予以报销。商业重疾险采取的是给付型的赔偿方式，就是被保险人一经确诊，保险公司就按照相关规定赔付重疾保险金。