微信etc记账卡实行的扣费方式是先通行后扣费，通过高速收费站时会在绑定的微信账户上直接扣费，并且可以在微信上更改支付方式，比如选择银行卡或零钱进行付款，如果选择的支付方式余额不足，系统会在微信绑定的其他任意银行卡中扣除相应费用。