柜台打出来的流水和自助机打出来的流水是不一样的。

首先，这两种方式所用的纸张不一样，规格也不一样。其次，自助机打出来的公章属于电子专用章，有些机构公司可能不会承认电子专用章，最后还是需要去柜台盖章。这两种方式无论是哪一种都是需要本人带着身份证去打印的，事先可以询问一下对方是否接受自助机打印的流水，这样子就避免做无用功了。