5000元的工资缴纳五险一金的金额与其所在城市、单位缴费比例和缴费基数等有关。社保的缴费基数是以该员工上一年度的月平均工资为准，若该员工的社保缴费基数为5000元，以北京市为例，其缴纳金额为：

1.养老保险：通常个人需缴纳8％，则其缴纳金额为5000*8%=400元。

2.医疗保险：通常个人需缴纳2％，则其缴纳金额为5000*2%=100元。

3.失业保险：通常个人需缴纳0.2%，则其缴纳金额为5000*0.2%=10元。

4.生育保险和工伤保险，个人无需缴纳。

5.住房公积金：通常个人需缴纳12%，则其缴纳金额为5000*12%=600元。

则该员工缴纳五险一金共计1110元。