农村社保卡丢了补办的流程为：

1、持卡人携带身份证去户口所在地的乡镇医院农合站或者其他管理新农合的机构进行书面挂失。

2、持卡人填写补办农合就诊卡信息申请表，相关部门对持卡人身份相关信息进行核查。

3、核实通过后上报情况，再由县农合办统一制作，并在7个工作日内予以补发新卡。

注：如果继续使用社保卡，持卡人可以带上身份证、参保缴费票据直接到县农合办补卡窗口办理补卡。