新生儿保险报销的比例在不同级别的医院是不一样的，在省市三级医院的住院的报销比例为65%，省市二级医院的住院报销比例为70%，县二级或相当规模的医院保险比例为80%，乡镇医疗机构的报销比例为85%。另外，新生儿住院报销在不同级别的医院也是有起付线的，例如乡镇医疗机构为200元，市二级医院为600元，市三级医院为900元，省三级医院为1200元等。总的来说，医院级别越高报销起付线越高，报销的比例也相对的比较少。