1、发行主体不同：同业存单的发行主体是存款类金融机构，债券的发行主体是政府、金融机构、企业或公司等。

2、发行对象不同：同业存单的发行对象是全国银行间同业拆借市场成员、基金管理公司及基金类产品，债券的发行对象是个人。

3、两者的性质不同：同业存单是同业存款的替代品，属于一种定期存款凭证。债券是一种金融契约，属于有价证券。