1、缴费主体不同。医保是城镇职工缴纳的，农村合作医疗是农民缴纳的;

2、费用不同。医保具有强制性，按照职工工资的一定比例收取，农村合作医疗是农民自愿参加，费用一般固定;

3、缴纳方式不同。医保是单位和职工一起缴纳的，而且单位缴纳大部分，职工只缴纳小部分。农村合作医疗是农民自己缴纳的。