农村信用卡去跨市取款的时候关于手续费分为两种情况。第一种是在本行的柜员机取的钱，那是不会有任何手续费的。第二种则是跨行取款，是需要收取一定的手续费的。这种情况下手续费则是每笔2元再加上交易金额的1%。而在你所提到的情况中取款了100元，则理论上应该收费2+100*1%=3元。而你被扣了五元，应该是你的卡之前就已经被扣过钱，再加上这次的取款手续费才一共被扣了5元。