公积金贷款还款不足会先扣部分。地方不同，政策不同，以当地政策为准。

通常情况下公积金房贷在还款日扣款时，若余额不足，就先扣部分余额，会在还款日发起第二次扣款。银行系统先扣公积金账户余额再扣还款卡金额，若公积金账户余额够了，就不再扣银行卡余额，公积金账户余额不足再从银行卡中扣除。

银行系统自动扣款时间不固定，若连续几个月都在同一时间段扣款，用户公积金贷款扣款时间基本固定。