公积金还款完毕再贷款算二套房。

若借款人已通过公积金贷款买了一套房子，还清后还想要再买房，应该会被银行认定是二套房。由于购房人名下已有公积金贷款记录，买房贷款时，银行认贷又认房，购房人名下已有了公积金贷款，后期再申请买房子，就会被银行认定为二套房，此次贷款是公积金的利率会比一套房率要高，购房所付首付款也会比第一套房多。