会扣款。公积金贷款的还款由公积金管理中心委托银行代理。银行系统会自动从约定的还款账户扣款完成还贷。因为是系统自动扣款，所以还款日扣款不受周末和节假日影响。

周末或节假日扣款可能会有延迟，但不会影响当天扣款行为的完成。用户应该在还款日之前保证自己的还款账户中有足够的余额以供扣款。

余额不足的，应及时不足。或者可以关联自己或家人的公积金账户以及银行账户以备扣款。避免产生逾期。