公积金组合贷款还款是分开的。

公积金组合贷款指的是把公积金贷款与商业贷款组合在一起申请住房贷款，在归还公积金组合贷款的时候，借款人需要准备两张银行卡分别用来归还公积金贷款以及商业贷款。

从本质上来说，公积金贷款和商业贷款属于不同性质的贷款，虽然为组合贷款，但是借款人必须分开还款，而且银行系统在扣款的时候也会分开进行扣款。