南京公积金贷款和商贷还款的区别如下：

1、贷款利率是不一样的，公积金贷款的贷款利率比商业贷款的贷款利率低。

2、贷款期限不一样，公积金贷款的实际贷款期限要比商业贷款的长。虽然根据规定，公积金贷款和商业贷款的贷款年限都是30年，但是通常商业贷款的实际贷款年限不会达到三十年。

3、首付比例不一样，例如如果都是第一套住房，而且面积都不超过90平方，那么商业贷首付比例不低于30%，而公积金贷款首付比例则是不低于20%。