公积金贷款还款不一定是直接扣。可以分为以下几种情况：

1、如果借款人办理了公积金约定提取业务，那么这种情况下贷款银行会每个月根据约定日期将借款人公积金账户中的余额转到贷款还款账户上。这种情况下就相当于借款人每个月用公积金进行还款了。

2、如果借款人没有办理公积金约定提取业务，那么这种情况下就不能直接扣公积金。