公积金贷款还款不是扣工资，归还公积金贷款有以下几种方式：

1、一种方式是贷款银行从借款人的公积金账户中扣除余额用来归还公积金贷款，有年冲还款法以及月冲还贷法两种方式。这种情况下借款人需要办理公积金冲还贷业务。

2、另一种方式是借款人每个月把自己筹集的资金打入公积金贷款还款银行卡中，贷款银行会在还款日进行扣款。