公积金贷款还款是否会先扣余额与借款人是否办理公积金冲还贷业务有关。

1、办理公积金贷款后，若借款人没有办理公积金冲还贷业务，就不会扣除公积金余额。

2、办理公积金贷款后，借款人办理了公积金的冲还贷业务，银行在扣款时，先扣除公积金账户余额。公积金账户余额还款分两种，月冲和年冲。月冲是还当月月供，冲到余额不足为止。年冲是每年一次用公积金余额还贷款本金，月供正常交。