公积金贷款还款不是从工资里扣，公积金贷款还款有以下几种方式：

1、一种方式为贷款银行从借款人的公积金账户中扣除余额用来归还公积金贷款，有两种方式，一种为年冲还款法，另一种为月冲还贷法。也就是借款人办理公积金冲还贷业务。

2、另一种方式为借款人每个月用自己筹集的资金打入还款银行卡中，归还公积金贷款。