公积金贷款还款不是直接扣工资，公积金贷款还款有以下几种方式：

1、借款人可以在还款日以前往还款银行卡内存入足够的钱款，贷款银行会在还款日扣除还款银行卡里的钱款。

2、借款人也可办理公积金约定提取业务，贷款银行每个月会依据约定日期将公积金转到还款银行卡上，进行还款，如果公积金账户中的余额不够支付月供，那么借款人需要用自筹的资金进行还款。