公积金还款不一定直接从余额中扣除，需要分为以下几种情况：

1、如果借款人没有办理公积金冲还业务，那么公积金还款不是直接从余额中进行扣除。

2、如果借款人办理了公积金冲还业务，那么公积金还款是直接从余额中进行扣除，公积金冲还业务指的是委托银行从公积金账户中进行代扣，也就是用公积金账户余额中的资金进行还款。