农行公积金贷款还款会扣第二次情况如下：

1、如果银行在公积金贷款还款日当天扣款成功，那么银行就不会再进行第二次扣款了；

2、如果如果银行在公积金贷款还款日当天扣款没有成功或者公积金贷款还款账户中余额不足，那么银行就可能会进行第二次扣款。

需要注意的是，如果扣款失败，银行也可能会在还款日后发起第二次扣款。