公积金贷款还款的时候会补扣。

银行系统由于借款人还款账户中资金不足或其他原因造成扣款失败，则银行会在第二天进行二次补扣。若是周末或节假日会顺延扣款。若还款期到了银行还没有扣款，则贷款申请者要主动咨询贷款代扣银行，提醒再次扣款。

若逾期时间太长或错过第二次扣款时间，贷款申请者再把钱存入卡中银行不会及时扣款，就会造成逾期影响个人征信。