南京公积金贷款还款额可以超过缴存额。但不能超过申请人住房公积金缴存基数的50%，缴存基数是以工资收入核算的。

贷款额度最高不超过公积金账户余额14倍，且每月偿还贷款本息合计不超过申请人住房公积金缴存基数的50%，参与额度计算的共同申请人的缴存基数可以累加。

借款人的住房公积金月缴存额超过当月应还贷款本息额，可以内部转账方式，每月从委托逐月提取还贷人的住房公积金缴存帐户中直接划转其当月应还贷款本息额。