公积金贷款还款日最晚几点扣款主要取决于银行的实际规定，不同银行的最晚扣款时间都是有所不同的。

据农行在线客服表示，农行公积金贷款还款日当天大约晚9点扣款，如果还款账户里额度不够，必须赶在晚上9点前往还款账户里存够足够扣款的钱。

建行公积金贷款还款日期最晚的时间是还款日当天24点以前，扣款的开始时间是还款日当天的零点。