公积金贷款还款在办理冲还贷的情况下是从公积金余额扣除，如果没有办理，那么公积金贷款还款时，银行系统从还贷银行卡上自动扣款。分两种情况：

1、自己每月向还款账户存入相应还款金额，等待系统自动扣款。

2、委托银行从公积金账户中代扣，也就是用公积金余额中的资金进行还款。

3、利用公积金冲还贷款可以选择每年一次提取公积金余额冲抵贷款，也可以选择每月从公积金账户余额中直接提取还贷，余额不足的，借款人应及时补足还款金额。