公积金贷款和商贷还款是单独的。

公积金贷款和商业贷款是独立的，借款人可以单独申请公积金贷款或者商业贷款。也可以申请组合贷款，但是即使是组合贷款也是需要分别进行还款的。因为公积金贷款和商业贷款采取的还款方式是不同的，需要设立2个独立账户，两部分分开进行还款。公积金贷款部分采取的是自由还款的方式，商业贷款部分采取的是商业银行认可的还款方式。