公积金贷款还款不一定是从账户扣。分为以下几种情况：

1、如果借款人办理了公积金还款业务，那么公积金贷款还款就会首先从公积金账户中进行扣款，如果公积金账户中的余额不足，那么会再从还款银行卡中进行扣款；

2、如果借款人没有办理公积金还款业务，那么还款就不会从账户中进行扣除，会直接在还款银行卡中进行扣款。