异地公积金贷款还款不一定是从公积金里扣，公积金贷款既可以使用自己的自有资金还款，也可以使用公积金账户余额进行还贷。

如果用户想要使用公积金账户余额进行还贷，那么可以办理冲还贷业务，即委托银行提取个人公积金账户余额去偿还贷款，主要有年冲和月冲两种方式。

申请公积金贷款后需要按时偿还贷款，如果出现未按规定及时还款的情况，是会直接影响自己的个人征信的。