商铺贷款是不可以用公积金进行还款的。

根据有关规定，建造、翻建以及大修自住住房的职工可以提取自己公积金账户中的余额用来归还贷款，而酒店式公寓、写字楼以及商住两用房等投资型房产都是不可以使用公积金账户中的余额进行还款的。

所以如果借款人申请了商铺贷款，那么只可以用自己的资金偿还商铺贷款的欠款。