公积金贷款还款的时候通常是自动扣款的，但也不代表就一定是，贷款人可以从自动扣款和主动还款中根据自己的实际情况进行选择。

公积金自动扣款是主贷人公积金账户、辅贷人公积金账户、还款卡，三个账户中任意一个账户余额大于或者等于应还贷款本息时，才会成功扣款达到抵扣需求。

不同地区的规定可能是有所不同的，用户可以咨询一下当地的公积金管理中心。