公积金贷款当日还款但是并没有扣款的主要原因有以下几点：

1、贷款用户的账户余额内余额不足，导致无法扣款完成，用户需要及时的向还款账户里充值，否则会产生逾期记录。

2、未到统一的扣款时间，公积金的扣款时间一般是一致的，不到扣款时间是不会扣款的。

3、贷款用户的银行卡被冻结，贷款人可以检查一下自己的银行卡是否冻结。

4、如果原因无法查询的话，建议咨询一下银行客服或办理贷款的贷款员，并查下账户的具体情况，避免没有按时扣款而影响信誉记录。