公积金贷款还款是直接扣除的，用户需要在还款日前保证自己的还款账户资金充足，避免因余额不足，从而造成扣款失败的行为。

相关用户可以办理公积金约定提取业务，这样银行每个月会按办理的约定日期每个月把公积金转到贷款还款账户上，即可以每个月用公积金账户余额还款。

通常住房公积金账户内余额大于所需还款额时，从公积金账户内直接扣除。而账户余额不足以抵扣还款额时，需往公积金联名卡内存所需还款额。