公积金贷款和商贷可以分开还款，这两种贷款方式采用的还款方式本身就是不一样的，因此两者可以分开还款。

公积金贷款部分能够现在选择采取自由还款的方式，商业贷款部分采取商业银行认可的还款方式，所以两者通常不可以一起还款。

如果用户的公积金账户里面的钱比较多，可以签订按月转账还款代扣业务，每月还款时首先通过公积金偿还，公积金账户金额不足时再通过银行卡扣除。